W medycynie nie ma rzeczy pewnych na 100%! Istnieje prawdopodobieństwo (około 6%), że wziernikowanie nie wykryje polipów lub małych guzów nowotworowych z trzech powodów:
Po pierwsze, anatomia okrężnicy może nie pozwolić na dokładne obejrzenie każdego najmniejszego zakątka, nawet jeśli badanie wykonuje wysokiej klasy fachowiec.
Po drugie, nie zawsze uda się wprowadzić wziernik aż do miejsca, w którym okrężnica łączy się z jelitem cienkim. Określamy to jako kolonoskopię niekompletną. Czasami okrężnica jest bardzo długa i zapętlona, co nie pozwala na bezpieczne wprowadzenie wziernika do samego końca.
Wreszcie po trzecie, niedokładne oczyszczenie jelita lub trudności z uspokojeniem mogą przeszkodzić w doprowadzeniu zabiegu do końca.
Również tymi komplikacjami nie trzeba się przejmować, zdarzają się bowiem bardzo rzadko.