Wziernik używany do tego zabiegu, czyli kolonoskop, jest to długa, giętka rura grubości palca. We wzierniku umieszczona jest kamera telewizyjna, światłowód, kanał woda-powietrze (spłukujący optykę i wprowadzający powietrze do jelita) oraz kanał do odsysania płynów i wprowadzania narzędzi endoskopowych (kanał biopsyjny). Zadziwiające, jak ta wąska rurka mieści te wszystkie urządzenia.

Podczas wziernikowania instrument zostaje wsunięty do od­bytu i wprowadzony aż do końca jelita grubego, a następnie jest wolno wyciągany. W tym czasie lekarz (jak przez peryskop łodzi podwodnej) ogląda ściany jelita, zwracając uwagę na ewentualne zmiany: guzy, polipy lub inne nieprawidłowości. Jeżeli stwierdza się obecność polipa, lekarz wprowadza poprzez kanał koloskopu odpowiednie narzędzie i jeśli to jest technicz­nie możliwe – usuwa polip.

Najlepszy widok ściany jelita uzyskuje się podczas wyciąga­nia instrumentu, ponieważ kierunek ruchu wziernika jest zgod­ny z fizjologicznym ruchem masy kałowej. Przy wprowadza­niu wziernik posuwa się „pod prąd” i często mięśnie jelita sta­rają się go wypchnąć. Natomiast podczas wyciągania wziernika z okrężnicy nie natrafia on na „sprzeciwy”, co pozwala na do­kładniejszą i łatwiejszą obserwację ściany jelita.

Lekarz ogląda śluzówkę wyściełającą ściany okrężnicy na ekranie telewizyjnym. Obraz jest przekazywany przez kamerę telewizyjną, umieszczoną na czubku wziernika. Wielu pacjen­tów może być na tyle przytomnych, szczególnie podczas wyj­mowania wziernika, że uczestniczą w zabiegu, oglądając obraz wnętrza swego jelita na ekranie.

Wprawdzie pierwszą reakcją może być obrzydzenie, ale większość pacjentów jest zafascynowana tym widokiem (pa­miętajmy, że po gruntownym przygotowaniu przeczyszczają­cym wnętrze jelita jest świeże i czyste). Aktor Robin Williams określił, że jest to jakby „oglądanie własnego prywatnego Discovery Channel”.

Lekarz kontroluje ruchy wziernika dwoma pokrętłami: jedno z nich porusza wziernikiem do przodu i do tyłu, drugie w lewo i w prawo. Podczas zabiegu można robić fotografie. Ja zwykle opatruję takie zdjęcia moim autografem i ofiarowuję na pamiąt­kę pacjentom.

Podczas zabiegu przez wziernik wprowadza się powietrze do wnętrza okrężnicy, co daje lepszą widoczność całej ściany jeli­ta. Sonda ma także urządzenie do odsysania płynów i resztek kału. Pacjenci czasami martwią się, że być może okrężnica nie jest dostatecznie oczyszczona. Dzięki urządzeniu odsysające­mu można te płynne resztki, które jeszcze zalegają światło okrężnicy, bardzo skutecznie usunąć.

Jeżeli podczas wziernikowania zauważy się polipy lub guz podobny do nowotworowego, można przez wziernik wprowa­dzić urządzenie zwane pętlą lub kleszczyki do biopsji i albo całkiem usunąć polip, albo pobrać próbkę do badania. Pętlę zacieśnia się wokół podstawy polipa, a następnie włącza prąd elektryczny, który rozgrzewając pętlę, odcina polip przez przy­palenie (kauteryzację) jego szypuły. Mniejsze polipy można usunąć w ten sam sposób bez kauteryzacji albo za pomocą „go­rących” kleszczyków biopsyjnych. Po zaciśnięciu polipa klesz­czami włącza się prąd, dzięki czemu polip zostaje odcięty od ściany jelita. Najmniejsze polipy można usunąć kleszczykami do biopsji bez przypalania. Wszystkie tkanki usunięte podczas zabiegu wysyła się do badania histopatologicznego.