Obydwie te metody niszczą tkanki nowotworowe, ale jednocześnie zabijają normalne, zdrowe komórki, powodując dokuczliwe skutki uboczne. Najbardziej narażone są komórki, które często podlegają podziałom: komórki cebulek włosów, błony śluzowej jamy ustnej i komórki wyściełające przewód pokarmowy.
Najpoważniejsze skutki uboczne chemio- i radioterapii to: biegunka, nudności, wymioty, utrata apetytu, owrzodzenia jamy ustnej, wysypka na stopach i dłoniach i wypadanie włosów. Ponieważ te zabiegi, a w szczególności chemioterapia, uszkadzają także szpik produkujący komórki krwi, innym objawem ubocznym jest niska liczba komórek krwi. Jest to dosyć rzadkie, ale może powodować krwawienia, powstawanie siniaków i zmęczenie, a także zwiększać zagrożenie infekcjami.
Skutki uboczne radioterapii spowodowane są wiązką promieni skierowanych na cel, które po drodze uszkadzają zdrowe tkanki. Do objawów ubocznych należą: biegunka, częste oddawanie moczu, wysypka na skórze krocza i niska liczba komórek krwi.
Trudno przewidzieć czas trwania skutków ubocznych. Wysypka może trwać kilka tygodni, podczas gdy zmęczenie – kilka miesięcy, a nawet dłużej, zależnie od tego, jak szybko organizm powraca do normy po leczeniu. Objawy uboczne nie są oznakami nawrotu raka, a tylko skutkami postępowania leczniczego.